神々の国アスガルドから宇宙空間に飛ばされたロキは、そこで遭遇した宇宙人種族チタウリのリーダー ジ・アザーと地球に侵攻することで手を組む。地球では、国際平和維持組織S.H.I.E.L.D.長官のニック・フューリーが、部下のマリア・ヒルとともに、緊急事態に陥っている研究施設を訪れていた。そこでは、エリック・セルヴィグ博士が研究を進めていた、無尽のエネルギーを秘めた謎の物体、四次元キューブが暴走を始めていた。そこに突如ワームホールが開き、ロキが降臨する。ロキは手にしたセプターでセルヴィグやクリント・バートン（ホークアイ)の心を操り、味方にしてしまった。彼らはキューブを奪い、施設から脱出する。
世界滅亡の危機を前に、フューリーはヒーローたちの最強チーム「アベンジャーズ」を結成することを決意した。女スパイのナターシャ・ロマノフ（ブラック・ウィドウ）はインド・コルカタに派遣され、そこで医師として働き身を潜めていたブルース・バナー博士（ハルク）に協力を要請する。S.H.I.E.L.D.のエージェント、フィル・コールソンは、ニューヨークのスターク・タワー[8]を訪れ、トニー・スターク（アイアンマン）にセルヴィグの研究資料を手渡す。フューリーは、70年の眠りから覚めたスティーブ・ロジャース（キャプテン・アメリカ）に対して、「世界を救え」と説得した。程なくしてドイツ・シュトゥットガルトに現れたロキは、駆けつけたスティーブ、トニー、ナターシャと対峙するが、あっけ無く降参する。その隙に、バートンはキューブの安定化に必要なイリジウムを盗んでいた。ロキの義兄、ソーはロキに地球侵略を諦めてアスガルドに戻るよう説得するがかなわず、仕方なくトニーとスティーブに従ってS.H.I.E.L.D.の空飛ぶ空母ヘリキャリアヘリキャリアの中にある独房にロキを閉じ込めた。科学者のバナー博士とトニーは、キューブの位置を特定しようとする。..
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